Su actual Rector, el Dr. Martín Zapata, sacerdote en suspensión, fue destituido ilegalmente, según su propia declaración, y reemplazado por dos profesores provenientes de la Universidad Católica Andrés Bello, regentada por el Padre Ugalde conocido por su amplia participación política en contra del gobierno del presidente Hugo Chávez.
El caso ha trascendido a la opinión pública cuando en el programa de opinión «Dando y Dando», de la televisora del Estado VTV canal 8, el Rector suspendido -pero en ejercicio hasta que un tribunal decida la legalidad de su destitución- formuló gravísimas denuncias sobre actos de corrupción por parte de algunos de los más altos prelados de la Conferencia Episcopal Venezolana.
Algunos de los supuestos delitos enumerados por Zapata tienen que ver con falsificación de Actas; otorgamiento de títulos fraudulentos en una o más carreras a sacerdotes con sólo meses de asistencia o sin ella; cheques por cantidades millonarias depositados en cuentas personales de altos prelados; adulteración de documentos de Notarias y Registros; presiones a empleados para que no declaren en contra de los culpables de estos delitos y el permanente chantaje contra la persona del Rector con ofrecimientos pecuniarios y de privilegios eclesiásticos para que renuncie al rectorado.
Estos hechos, que no han sido divulgados por los medios impresos y audiovisuales nacionales, tendrían dos razones de fondo, según el Rector: la económica, pues se buscaría la posesión por parte de la Conferencia Episcopal de valiosas propiedades de la Universidad Santa Rosa, ubicada en una populosa parroquia de Caracas, y la política, pues se pretendería colocarla bajo el control de los sectores más conservadores de la Universidad Católica Andrés Bello, con el consecuente desplazamiento de sacerdotes y profesores identificados con las luchas sociales bajo la orientación de la teología de la liberación.
El desplazado rector señaló, además, que la Universidad está ubicada físicamente en un sector estratégico, muy cerca del Palacio de Miraflores, lo que representaría, según él, un peligro de estallido social, pues la mayoría de sus 2 mil estudiantes provienen de los sectores pobres de la parroquia de Petare, donde el movimiento que apoya al Presidente Chávez es muy fuerte.
Zapata cuenta con evidencias documentadas de sus denuncias, las cuales llegan en momentos en que se desarrolla un nuevo enfrentamiento entre la jerarquía católica y el presidente Chávez.